自动化研究所经过几代自动化所人的奋发努力，目前已经发展成为集基础研究、应用开发于一体的新型科研机构。自动化所已形成立足智能技术，聚焦复杂信息的智能计算、复杂系统的智能控制、集成化智能系统三个重要方向，基础研究、应用开发与高技术产业化“三位一体”，相互支持、相互补充的良好格局。现设有模式识别国家重点实验室、复杂系统管理与控制国家重点实验室、国家专用集成电路设计工程研究中心等多个科研部门；并与社会其他创新单元共建联合实验室和工程中心十余个，包括中法信息、自动化与应用数学联合实验室、中新数字媒体研究院、中港智能识别联合实验室、系统医学与中医药科学研究中心等；另有汉王科技、三博中自等十余家持股高科技公司。
